1880-1890 годы были периодом изменений в организации профессионального футбола. Пресса того времени сообщает о растущем интересе зрителей к игре. Рост футбола заметен по количеству клубов, принявших участие в кубке Ф.А.: пятнадцать в 1871/72 году, семьдесят три в 1881/82 ,и сто сорок девять в 1888/89. Лист встреч ведущего клуба того времени включал в себя серию дружеских матчей с командами такого же статуса, кубок Ф.А. , и другие соревнования, организованные городом, в котором клуб базировался.
В 1888 году Вильям МакГрегор, член комитета Астон Виллы, написал письмо с предложением создания Лиги в другие ведущие клубы; после двух заседаний предложение было принято. Количество команд было ограничено двенадцатью. Таким образом, для проведения чемпионата нужно было 22 недели, но клубы продолжали играть дружеские матчи между собой, а также должны были участвовать в национальных и локальных кубках.
Во всех из двенадцати клубов были профессиональные игроки. Только один из них не играет в настоящее время (Аккрингтон). Южные клубы были в основном любителями. Арсенал стал первым из них, кто присоединился к Лиге (1893/94) . Несмотря на то, что Шотландские команды участвовали в кубке Ф.А. с момента его создания, они основали собственную лигу в 1890 году.
Первые матчи играли по правилам принятым 8 сентября 1888 года. Некоторые из этих правил все еще находились в обсуждении. 21 ноября 1888 года согласились давать два очка за победу в игре и одно за ничью.
В 1889 году Ноттингем Форест основал второй чемпионат под названием "Футбольный Альянс". Игра, состоявшаяся между двумя лигами в 1891, завершилась ничьей 1-1. В 1892/93 из "Альянса" был сформирован второй дивизион.
Вскоре возник вопрос о переходе команд из второго дивизиона в первый и наоборот. Было решено играть "тестовые" матчи между этими командами. Тестовые матчи играли в течение шести сезонов, затем стали автоматически переводить клубы в другой дивизион (1898/99).Правила Футбольной Лиги позволяли переводить команды в первый дивизион напрямую, даже если они не занимали призовые места. Последним, кто воспользовался этой возможностью, был Арсенал. Он был допущен к игре в первом дивизионе, закончив сезон 1914/15 пятым.
В конце этого сезона Лига была приостановлена из-за Первой Мировой Войны. Большинство команд продолжало играть в местных соревнованиях, но много игроков поступило на службу в армию и не вернулось. Лига была заново открыта в 1919 году.
В 1920 году Южная Лига (основанная в 1894 г.) присоединилась к Футбольной Лиге, образовав третий дивизион. Планировалось создать третий дивизион и для северных клубов, но не существовало "Северной Лиги", которую можно было принять. Северная секция стартовала через год после южной. В нее вошли команды из Центральной, Северо-восточной, Ланкаширской и других лиг, большинство из которых было создано в начале 1890 годов.
Сезон 1939/40 сорвался из-за Второй Мировой Войны. Лига была закрыта до 1946 года, хотя в 1945/46 был проведен кубок Ф.А.
В 1958 году решили заменить два региональных третьих дивизиона на национальные третий и четвертый дивизионы. Верхняя половина турнирной таблицы каждого дивизиона сформировала третий дивизион, а нижняя - четвертый. "Два клуба вверх, два клуба вниз" - таким было правило перехода команд из одного дивизиона в другой. Это правило изменили в сезоне 1973/74, увеличив количество клубов до трех.
До сезона 1975/76 клубы, закончившие чемпионат с одинаковым количеством очков размещали в таблице по "среднему" голу. Количество забитых голов делили на количество пропущенных. Это было весомым аргументом в пользу игры в обороне, поэтому с 1976/77 стали использовать разницу забитых и пропущенных голов. Если разница голов была одинаковой, то высшее место давали клубу с большим количеством забитых мячей.
В 1981/82 произошла одна из самых больших перемен в истории Лиги. Вместо двух очков, за победу стали давать три, аргументируя это большим количеством нулевых ничей.
В сезоне 1992/93 клубы игравшие в первом дивизионе сформировали Премьер Лигу. Второй, третий и четвертый дивизионы были перенумерованы в первый, второй и третий.